1685-ben egy összeírás Szentendrét puszta, lakatlan helynek tüntette fel, s értékét mindössze 1000 forintra becsülte. Az óbuda-visegrádi uradalom része volt, és a terület 1659 óta Zichy István győri főkapitányé lett. Szolgálataiért és közel 60 ezer magyar forintért kapta I. Lipóttól adományként, olyan megkötéssel, hogy míg fiágon örök birtoknak számított, leányágon csak megválthatási joggal rendelkeztek felette. Amíg a terület török kézen volt, a Zichy család nem tudta birtokba venni. 
1683-ban Bécs alatt a törökök súlyos vereséget szenvedtek Lotharingiai Károly csapataitól. 1684 nyarán már Vácott (június 27.), majd Szentendrénél (július 10-én) verték meg a törököket. Két évvel később, 1686. június 12-én a párkányi táborból a Buda felszabadítására induló seregek még egyszer, a Duna partján végig vonulva feldúlták a vidéket. Ezzel vége szakadt a másfél évszázados török uralomnak, de a városból semmi nem maradt a felszabaduláskor.
Lipót Buda felszabadítása (1686. szeptember 2.) után úgy döntött, hogy tovább üldözi a meggyengült török sereget a Balkánon. 1687. augusztus 12-én Mohácsnál, a mohácsi csata “visszavágóján”, Lotharingiai Károly, Buda felszabadítója 50 ezer fős seregével tönkreverte Szolimán nagyvezér 60 ezres seregét. A keresztény csapatok tovább folytatva az előnyomulást, 1688. szeptember 6-án, egy hónapi kemény ostrom után bevették Nándorfehérvárat. 
A bécsi udvar terveket készíttetett az elnéptelenedett magyar falvak betelepítésére. Külföldi lakosokat bevándorlásra szólítottak fel, kedvezményeket ígérve nekik. Több ezer külföldi telepes kerekedett fel ekkor családostól, hogy új hazát keressen, jobb életfeltételeket szerezzen.
1688-ban proklamációk útján felszólították a szerbeket, hogy fegyveresen vegyenek részt a törökök elleni hadjáratban. A szerbek, akik addig sokat szenvedtek a török uralomtól, készek voltak a császárt támogatni a portával szemben.
Cserébe I. Lipót 1690. április 6-án kiváltságokról állapodott meg velük, amelyet még ugyanabban az évben (augusztus 21.), majd 1706-ban és 1713-ban megerősítettek, illetve kiegészítettek. A kiváltságlevél III. Arsenije (Arzén) Csarnojevits (másutt Csernojevics) ipeki pátriárka terve alapján készült, aki egyik püspökét, Diakovits Izaiást küldte Bécsbe tárgyalni. 
A császári diplomában a szerbek állampolgári jogokat, szabad templomépítést, a görögkeleti egyházjog fenntartását, püspökválasztást, szabad vallásgyakorlatot kaptak, sőt, a korábban szerbek által épített, de mások kezelésébe került templomok visszaadását is előírta az uralkodó.
Néhány ezer szerb már korábban, még Buda visszavétele (1686) előtt beérkezett az országba, de nagyobb számú betelepülésre csak 1690-et követően került sor. Ennek felgyorsulása a török háborúban bekövetkezett fordulatnak köszönhető.
1690-ben az új török nagyvezér, az igen tehetséges Köprili Musztafa megszilárdította az oszmán birodalom belső helyzetét, és ellentámadásba kezdett a Balkánon. 1690. október 8-án ismét a lófarkas zászló lengett Nándorfehérvár ormán, és rövid idő elteltével a szerb falvak ismét török kézbe kerültek.
A szerbek közül 37 000 család, mintegy 200 ezer ember a törökök bosszújától tartva Csarnojevits pátriárka vezetésével, több püspök és szerzetes társaságában elhagyta lakhelyét és gyalog, illetve hajón Magyarországra menekült. Magukkal hozták Lázár cár ereklyéit a Vrdnik hegységben lévő ravanicai zárdából. Ezt az ereklyét mindig magukkal vitték, amikor menekülni kényszerültek. Többségük a déli országrészeken telepedett le, de egy jelentős csoportjuk eljutott az ország közepéig, és a Buda környéki, jobbára elnéptelenedett falvakba költözött. Kisebb-nagyobb létszámú szerb közösség telepedett le ekkor Szentendrén, Ráckevén, Pomázon, Csobánkán, Vácott, Budakalászon.
Szentendrére a menekülők közül mintegy 800 család került. Egy 1696-os összeírás szerint 1453 család lakott a városban, közülük 985 rendelkezett házzal, 468 háznélküli volt. Együttes létszámuk egyes források szerint 6000 körüli volt, máshol többről maradt meg adat. A telepesek nem egy helyről érkeztek, egy részük Görögországból, Bulgáriából, Boszniából származott. Többnyire kereskedők, kézművesek voltak, de később a földművelést és állattenyésztést egyre többen űzték közülük, különösen azok, akik a karlócai békekötés (1699) után sem tértek vissza a Délvidékre.
A szerb családok többsége ugyanis a török elleni hosszú háborúkat lezáró béke megkötése után hazatért. Sokan közülük már a betelepüléskor ideiglenesnek tekintette az új lakhelyét, sőt, maga a császári rendelet is a szerbek korábbi lakhelyeinek török uralom alóli felszabadulásáig látta szükségesnek az elköltözést. 
Szentendrén a szerbek közül az azonos faluból érkezettek egy helyre költöztek, elkülönültek a más falvakból származóktól. Külön-külön építettek maguknak templomokat is, kezdetben fából, összesen hatot. Templomaikat a származási helyük után nevezték el. Ëgy kapta a nevét Pozsarevacska- (a pozsareváciaké volt, Mihály és Gábriel arkangyalok tiszteletére szentelték), a Csiprovacska- (a csiprováciaké volt, Szent Péter és Szent Pál tiszteletére szentelték) és az Opovacska- (az opováciaké volt, Szent Miklósnak szentelték) templom. A boszniai szerbeknek, a tobakosoknak a Szamárhegy alatt volt -az Òr Színeváltozására szentelt -templomuk (a Preobrazsenszka-templom). A valamivel később, a XVIII. század közepén Szentendrére költöző dalmátok (horvátul beszélő római katolikusok) a Várdombon lévő középkori katolikus templomot használták, amely az 1700-as évek elején nyerte el mai formáját, amikor is barokk stílusban újjáépítették. A belgrádiak is külön emeltek templomot, ők alapították a püspöki székesegyházat, a Belgrádot, amit Szűz Mária mennybemenetele tiszteletére szenteltek.
Az Izbégen letelepült szerbek a Szent Lélek eljövetele tiszteletére emeltek templomot. A szerbekkel közösen a betelepült görögök is részt vállaltak egy templom építésében. Ëgy épült meg a barokk stílusú Blagovesztenszka-templom, amit a Gyümölcsoltó Boldogasszony (avagy Angyali üdvözlet = Híradás a Boldogságos Szűz Máriának) tiszteletére emeltek. Görög-templomnak is nevezik, mely elnevezés valószínűleg a templom falában lévő görög nyelvű epifátiumnak köszönhető. A fából épített templomok helyett a XVIII. század folyamán kőből építettek újakat, mindegyiket a kor ízlésének megfelelően barokk stílusban. A szerbeknek még volt egy fatemplomuk a Duna-parton, amelyikben a lefejezett Lázár cár ereklyéit őrizték. A helyet később (1798-ban) egy emlékkereszttel jelölték meg. Kezdetben a lakóházakat is fából emelték, ami ugyancsak a rövid időre szóló letelepedésre utalt.
Egy 1699-es megyei összeírás már csak 329 családfőt említett, a többiek visszamentek a Délvidéki falvaikba. 1697-ben visszavitték magukkal Lázár cár ereklyéit is a ravanicai kegyhelyre, amely később búcsújáró hely lett. Akik a századfordulón nem hagyták el Szentendrét, azok végleg itt maradtak. Maga Arzén pátriárka is ide költözött 1701-ben, ez is hozzájárult ahhoz, hogy a város a szerbek politikai és kulturális központja lett. Szentendrén kívül Budakalászon, Izbégen, Pomázon és Csobánkán volt még a környéken tekintélyes létszámú szerb közösség. 
Az udvar hű állampolgárokat nyert bennük a XVIII. század elején, amikor az adóbehajtásnál, illetve a Rákóczi szabadságharc ellen sikeresen alkalmazta őket. Hűségüket ismételten megköszönte az uralkodóház, kiváltságaik többszöri megerősítése is ennek köszönhető. A magyar lakossághoz való viszonyuk, éppen a fentebb említettek miatt, nem volt jó, és ez hosszú éveken keresztül alig oldódott. A bécsi udvarhoz való jó kapcsolatuk ellenére Mária Terézia sem tudta őket a római katolikus vallásra téríteni. A kísérlet nem sikerült, megtört a szerbek ellenállásán, akik görögkeletiek maradtak. Amikor a Zichy család birtokába került a még török uralom alatt lévő Szentendre (1659), nem ért sokat, annyira elpusztult a sorozatos harcok miatt.
A tényleges birtokbavétel idején (1700) már más volt a helyzet. A szerbek betelepülése után gyorsan fejlődött a város. Gróf Zichy István nemcsak a szerbekkel együtt kapta vissza Szentendrét, a megszerzett kiváltságaikat is figyelembe kellett vennie. 1700. január 1-től egy szerződés keretében bérbe adta a város lakosainak az itt lévő erdőket, réteket, folyókat, révet, kocsmát. Mindezért évi 1000 Ft-ot és 6 darab török szőnyeget fizetett a város. A szőnyegeket 100 Ft-ért meg lehetett váltani. A szerződés kitért a községi malom és a pálinkafőzők használatára, amelyet a földesúr engedélyezett, cserébe viszont a lakosok csak az urasági sörfőzőházból vásárolhattak sört, kivéve, ha az ihatatlan volt. Érdekes kitétele volt a szerződésnek, hogy a földesúr kötelezettséget vállalt arra, hogy nem enged több betelepülőt a városba. Ezt szigorúan betarthatták, mert hosszú ideig valóban nem nőtt a város létszáma. 1708¬ban új szerződést kötöttek, amelyben az új birtokos, Zichy Péter az 1000 Ft-on és a 6 szőnyegen felül még 200 akó (itt 1 akó=48 liter) vörös bort is előírt. Ez utóbbi adat a szőlőtermelés terjedésére utal.
Az adó összegét az elkövetkező években még többször emelték a Zichyek, akik részesülni kívántak az egyre gazdagodó szentendrei kereskedők és iparosok jövedelméből. 1710-ben már 2000 Ft-ot, 2 perzsaszőnyeget, 200 akó bort és -valószínűleg a kereskedők megadóztatása végett - 12 font (1 font=0,56 kg) kávét kellett fizetni. Az új megállapodást az uralkodó is jóváhagyta 1712-ben, és az hosszú évekre érvényben maradt. Időnként ajándékot kapott a földesúr a szentendreiek által készített termékekből: pl. 1720-ban 24 pár szattyánt, 1721-ben 24 báránybőrt, 1722¬ben 24 pokrócot. Arra is volt példa, hogy a készpénz egy része helyett terményt (gabonát, bárányt) adott a város, vagy mint 1726-ban, a földesúr szorult anyagi helyzetében előre kérte a következő évi adót. Erre azért került sor, mert az 1726-ban elhunyt Zichy Péter annyi adósságot hagyott hátra, hogy azzal az özvegy nem tudott megbirkózni és az adósságok fejében egy időre - 1738-ig - még a várost is kénytelen volt Jeszenszky Antalnak átengedni. Ez időben Szentendrén kiéleződtek a feszültségek a helyiek között. Ellentét volt az egyre zsarnokibb módon intézkedő városi magisztrátus és a lakosság között, továbbá a gazdagabb szerbek és a földesúr között.
Ez utóbbi érdekeit ugyanis komolyan sértették a szerbek egyre terebélyesedő kiváltságai, amelyeket a bécsi udvarnál jártak ki. A lakosok elégedetlensége az 1730¬as években a városi vezetés ellen zendüléshez vezetett, majd 1738-ban, amikor a Zichyek letudták az adósságukat, és a város visszakerült hozzájuk, a földesúr, Zichy Miklós lépett fel a szerinte nagyon meggazdagodott szentendreiekkel szemben. Egyből négyszeresére emelte az eredeti szerződésben kikötött bérleti díjat. Azt is megtiltotta a méltatlankodó városi vezetőknek, hogy az uralkodóhoz forduljanak újabb kiváltságokért. A Zichyek már hozzászokhattak a birtokaikon élők mozgalmaihoz, amelyet a földesúri jogállásuk megszüntetése miatt, a polgári jogok megszerzéséért kezdeményeztek már a XVIII. század elején. Ezek a törekvések nem jártak sikerrel, és nem is lehet túlzottan éles szembenállásról beszélni. Az egymással kötött szerződés végül is a század első évtizedeiben mindkét fél számára elfogadható volt. A földesúr a jól körülbástyázott szerb kiváltságok ellenére hozzájutott egy összegben a többször feljebb emelt bérleti díjhoz, a lakosság pedig az összeg lefizetésével mentesült más, terhesebb szolgáltatás alól. 
A város töretlenül fejlődött, főleg a várost vezető tekintélyes kereskedők gazdagodtak, de a felszín alatt izzott a városi lakosság elégedetlensége. Sikkasztásokról, részlehajló bíráskodásról, sokszorosan kivetett adókról, só- és boreladással kapcsolatos visszaélésekről panaszkodtak a helyiek. Minden városi vezető igyekezett a saját körének, barátainak kedvezni, mindent elöntött a korrupció. 
Az ellentétek, viták vallási köntösben jelentkeztek, mert a városban az a gyakorlat alakult ki, s maradt fenn 1733-ig, hogy a város irányítása egy négyfős testület kezében volt, amelyben egy katolikus és három görögkeleti polgár volt. Mindnyájan módos emberek voltak, és elsősorban a gazdag szerb kereskedők és iparosok érdekeit képviselték, azok korábban kivívott kiváltságait védték. A később bevándorló, de egyre gazdagodó, szőlőműveléssel foglalkozó lakosok - közöttük már magyarok is - ezt nehezményezték, és helyet követeltek maguknak a városi vezetésben. Szentendrén a különböző érdekcsoportok között annyira elmérgesedett a vita, hogy már a megye kényszerült a rendcsinálásra.
1733-ban elrendelték, hogy a 4 fős testület helyett ezentúl egy bíró vezesse a várost, mégpedig egy éven keresztül katolikus vallású, három éven keresztül pedig görögkeleti. Ez a rendelkezés azonban nem hozta meg a várt eredményt, a viták még évekig elhúzódtak. Végül egy 1738-as, a földesúr és a város között köttetett szerződés szabályozta a város irányításának sokat vitatott kérdését. Ezután a várost 13 életfogytiglanra választott esküdtből álló tanács vezette, élén a bíróval, akit három évig a szerbek, egy évig a magyarok adtak. Az esküdtek közül 9 görögkeleti, 4 katolikus volt. 
A városi tanácsot a szerződésben foglaltaknak megfelelően az úriszék alá rendelték. Ha valaki nem volt megelégedve a tanács döntésével, az úriszékhez, tehát az urasághoz fellebbezhetett, amely felülbírálhatta azokat. Az úriszék által 1738. január 4-én a városi magisztrátus számára kiadott utasításban (“Instructio pro Magistratu oppidi Szent Endre”) az olvasható, hogy igazságtalan döntés esetén maga “a Magistratus fogh bűnhődni”.
Az esküdtek választásánál azt a szabályt vezették be, hogy a város jelölt három főt, akik közül a földesúr választotta ki a neki tetsző személyt. A bíróválasztás is így történt. 1744-ben az úriszék elrendelte, hogy a 13 esküdt helyett 24-et válasszanak. Valószínű, hogy az esküdtekre háruló feladatok (kilenced, hadiadó, háziadó, számadások kezelése, közigazgatás ellenőrzése stb.) nagy száma indokolta a számuk felemelését.
1757-ben új gazdája lett Szentendrének. Az érvényes szerződések tiszteletben tartása mellett Bercsényi Erzsébet, Zichy Mihály felesége kapta meg a várost egy csereszerződés keretében. Ezt követően 1759-ben a királyi jogügyek igazgatója hosszú évekig tartó birtokpert indított, és az özvegytől 1767-ben visszaszerezte a kincstárnak Ïbudát, Visegrádot és Szentendrét. Ebben az évben rendelte el Mária Terézia az egész országra kiterjedően az úrbérrendezést, hogy az addig különféle mértékű jobbágyi szolgáltatásokat országos szinten egységesítse.
Meghatározták az adott településeken a jobbágytelkek nagyságát, a földesúrnak járó robot, kilenced és ajándék mértékét. Korábban az egyes földesurak külön urbáriumban határozták meg saját jobbágyaik terheit. Szentendre első urbáriuma 1765. július 5-én kelt, s ebben a kamara, mint földesúr részéről Grassalkovich Antal kamarai elnök igen jelentősen megemelte a város terheit. A korábban a Zichyeknek fizetett évi 6000 forint helyett 8000 forintot követelt tőlük. A városi tanács tiltakozott az urbárium miatt, mire Grassalkovich tovább súlyosbította a terheiket. Ekkor a szentendreiek küldöttséget menesztettek a megyéhez és az udvarhoz, mert méltánytalannak tartották a velük történteket. A királynő meghallgatta a kérésüket, és az úrbéri tabella elkészültéig a korábbi terhek fenntartását rendelte el. Jobbágyoknak sem tekinthették a szentendreieket, így az ilyen jellegű szolgáltatások alól is mentesültek. Ezt követően a szentendrei uradalmat a koronától bérbe vevő szentendreiek Mária Terézia rendeletének megfelelően, minden év május 24-én az óbudai királyi uradalmi pénztárba egy összegben 6000 forintot fizettek.
Az úrbéri tabella végül 1772-ben készült el, és ebben rögzítették a Szentendre határában fekvő jobbágytelkeket, a jobbágyok, a házas és házatlan zsellérek szolgáltatásait. Ennek alapján készült el az új szerződés 1772 végén, amelyet a város kötött a földesúrral, azaz a kamarával. Ebben többek között az állt, hogy a város évi 6000 forint taksát fizet; az erdő a földesúré, de a lakosok vághatnak benne fát; a szentendreieket városi lakosoknak tekintik, nem falusi jobbágyoknak; a lakosok előre is megválthatták az adójukat. A rendelet kihirdetésére 1773. augusztus 3-án került sor Pest-Pilis-Solt vármegye közgyűlésén.
Az úrbérrendezés tovább segítette a város gazdasági fejlődését. Kiváltságaikhoz Mária Teréziától, akinek különösen sokat köszönhettek a szentendreiek, 1777-ben országos vásártartási jogot kaptak. Szentendre mezővárosi jogállásból szabadalmas királyi város lett. Az úrbéri szerződés megkötése után átalakították a városi vezetést. A tisztikarhoz 1786-ban a bírón kívül 5 tanácsos (pénztáros, urbárium gondnoka, közgyám, rendőri felügyelő, gazdasági tanácsos), a főjegyző, az aljegyző és az írnok tartozott.
A város szolgálatában volt még 4 rendőr, 3-3 erdőőr és tanító, 2-2 hegymester és éjjeliőr, 1-1 orvos, korházi gondnok, kocsis, toronyórák gondozója, szénáskerti gondnok, postakifutó, fűtő, bába, kikiáltó, marhahajcsár, kéményseprő (2 segéddel). A város alkalmazásában állt még a fentieken kívül az Izbégen szolgáló rendőr és az ottani bíró.
Izbég Szentendrétől északnyugatra feküdt, alig két kilométer távolságra. Az itteni, többnyire ugyancsak szerb lakosság főleg mezőgazdaságból élt, amit a közelében lévő jó legelők és szántóföldek tettek lehetővé a lakosainak. Szerb menekült lakóira utal a falu neve, amely az ószláv “zbieg”= menekült szóból származott. A községet 1766-ban csatolták Szentendréhez, az izbégiek tiltakozása ellenére. Ők ugyanis évtizedekig küzdöttek önállóságukért. Még saját pecsétet is csináltattak, bár azt a szentendrei magisztrátus elkobozta tőlük.
Az egész XVIII. században visszatérő jelenség volt, hogy a városi lakosok minden létező fórumon feljelentették a városi tanácsot az ott folyó visszaélések, önkényeskedések miatt. Feljelentések érkeztek az úriszékhez, a megyéhez és az uralkodóhoz. Végül a mind több panasz miatt 1784-ben az uralkodó, II. József vizsgálatot rendelt el, és annak lefolytatására, a panaszok kivizsgálására Ráby Mátyás kapott megbízást. 
Ráby Mátyás nemesi származású, de polgári, felvilágosult gondolkodású hivatalnok volt, s mindössze 32 éves, amikor Szentendrére érkezett a panaszok kivizsgálására. Elsősorban a városi közigazgatást és a pénzügyeket ellenőrizte. Súlyos visszaéléseket fedezett fel, amelyeket 1784. május 8-án eljuttatott egy beadványban az uralkodóhoz.
II. József azonnal vizsgálatot indított a helytartótanácson keresztül. Sajnos onnan a vizsgálattal a vármegyét bízták meg, ahol olyan tisztségviselők kapták a feladatot, akik maguk is felelősek voltak a szentendrei tanácsnál történtekért. Vizsgálódását Pest-Pilis-Solt vármegye nem nézte jó szemmel, mindent megtettek, hogy félreállítsák. 1786-ban elérték, hogy a helytartótanács utasítására letartóztassák és bebörtönözzék.
Onnan megszöktették, majd Bécsbe csempészték, ahonnan újra a vármegye börtönébe került. A szökés miatt előbb halálra, végül életfogytiglanra ítélték, s csak a császár utasítására nyílt meg előtte 1789. június 29-én a börtönkapu. A szabadulás után újabb beadványokat küldött az udvarhoz, még akkor is, amikor már Ferenc császár uralkodott a birodalomban. Végül Ráby, elfogadva a bécsi rendőrfőnök javaslatát, elhagyta a birodalom területét és külföldre ment. A forradalmi Franciaországot választotta, ahol kiadta az emlékiratait, amely alapjául szolgált Jókai Mór Rab Ráby című romantikus művének.
Ráby Mátyás küzdelme nem maradt eredmény nélkül. Az 1789-es beadványa után a megye kénytelen volt leváltani a városi tanácsot. A visszaélések feltárásával hozzájárult Szentendre közigazgatásának tisztulásához. A harcában azonban nem sok szövetségest tudott maga mellé állítani a városban, mert mialatt a korrupt városi és megyei tisztviselők ellen harcolt, jó hivatalnok módjára, az elsikkasztott pénzt nagyobb adók formájában a korona számára szándékozott a várostól elvonni.